1959年,北海市中医联合诊所(1954年建立)、北海市新医联合诊所(1954年建立)和北海牙科联合诊所(1956年建立)联合组成北海市红十字会诊疗所,这就是北海市第二人民医院的前身;
1960年2月,改称为北海城镇公社卫生院;
1972年8月,改成为北海城镇人民医院;
1982年6月,改成北海市第二人民医院;
1984年7月,外沙公社卫生院并入北海市第二人民医院,改名为北海市第二人民医院第三门诊部;(后因外沙岛改造工程拆除)。

2002年2月,被评为国家二级甲等医院。

2004年8月,云南路综合门诊部建成投入使用。海角路社区服务中心成立。

2013年1月,位于北海市新世纪大道的《北海市第二人民医院迁建项目》正式启动建设。新院区由政府投资,按三级医院标准建设,设计床位约1000张。

2016年4月,海角路社区服务中心撤消。经市卫计委批复在原社区服务中心和云南路综合门诊部原址筹建城西中西医结合医院。